Para la campaña 1943-44 Vidal López regresó al Magallanes, también lo hizo Dalmiro Finol, fue traído el cubano Manuel Cocaína García y como estratega logran la contratación de Manuel Chivo Capote quien venía de ser el mánager campeón con Cervecería. Este Magallanes se impone en el torneo con 12 triunfo, Vidal López termina primero en impulsadas con 17 y Cocaína García invicto con 5 triunfos. Fue el segundo título del Magallanes, ahora en torneos de Primera División. La siguiente campaña fue en 1945 y aunque no tenían ya a Dalmiro Finol, pudieron contratar a Alejandro Patón Carrasquel, en otras palabras Magallanes contaba para ese momento con los dos únicos bigleaguer criollos, ya que Jesús Chucho Ramos había jugado 5 partidos con el Cincinnati en 1944. Pero no fue suficiente El Cervecería apoyado en su poder nativo más la participación desde el montículo de Luis Mono Zuloaga y Ramón Dumbo Fernández, se llevó el campeonato.
Tras culminar esa campaña y luego de la realización de varios torneos internacionales, donde destacó la llamada Serie Monumental en la que participó un equipo de grandes figuras del beisbol negro, a finales de año fue creada la Liga de Beisbol Profesional de Venezuela, cambiando por completo el panorama de la pelota en el país.
A finales de 1945, cuatro de los cinco equipos que participaron en el campeonato de primera división, adquirieron la franquicia para participar en la naciente Liga Venezolana de Beisbol Profesional, uno de ellos era don Carlos Lavaud con su querido Magallanes. El día jueves 3 de enero de 1946 se efectuó el sorteo para establecer el calendario y quiso la historia que el primer nombre que saliera fuese justamente el del Magallanes, luego saldrían el Venezuela, el Cervecería y cuarto el Vargas, esto significó que Magallanes enfrentara al Venezuela en el primer juego profesional en el país.
La historia cambió para 1949, gracias a la llegada de Luis Camaleón García y del manager, Lázaro Salazar, quien dirigía a los Industriales de Monterrey en el beisbol mexicano, con ellos el Magallanes logró su primer campeonato en la pelota rentada y no sólo eso sino que lo repitió al año siguiente, fue tal la superioridad de los turcos, que el Cervecería Caracas se olvidó de su purocriollismo y buscó refuerzos importados para enfrentar al Magallanes. En los tres años siguientes fue el subcampeón del torneo, pero con la particularidad que a partir de la campaña 52-53 contó con uno de los mejores lanzadores criollos de todos los tiempos Ramón Monzant, quien ganó 40 juegos y ponchó a 385 en sólo cuatro años. En el rotatorio (1953-54) vino con el Magallanes Bill Taylor quien sacó 16 pelotas y empujó 63 carreras, ambas marcas para la época.
La campaña de 1954-55, no le fue nada bien al Magallanes en los dos primeros meses de campañas, pero luego compraron el contrato de Dalmiro Finol, luego botaron al manager, Fred Fitzsimmons, trajeron nuevamente a Lázaro Salazar y Magallanes ganó 8 en fila, a finales de diciembre llegó Bob Skinner, quien dio gran impulso al equipo que logró ganar otros 10 juegos consecutivos y a la final alzarse con su tercer título profesional.
A pesar del título el Magallanes arrojó grandes pérdidas, razón principal para que Don Carlos Lavaud decidiera abandonar la franquicia, sin embargo el empresario Damián Gaubeka, quien había tenido éxito montando en Caracas la llamada Pequeña Copa del Mundo de Futbol, un torneo que presentó entre otros conjuntos al Real Madrid, Botafogo, Roma, Barcelona y al Benfica, y que para muchos fue génesis de la hoy llamada Liga de Campeones. Bien este equipo dejó a Norman Larker y Gale Wade uno y dos en bateo, además de Monzant con su tercer año con por o menos 10 triunfos, pero terminó último, suficiente para que Gaubeka devolviera la franquicia a la liga y desapareciera el Magallanes.
